Procuratura Generală a Rusiei a declarat „Meduza” drept organizație „indezirabilă” în ianuarie 2023, invocând faptul că activitățile publicației „reprezintă o amenințare la adresa fundamentelor ordinii constituționale și a securității Federației Ruse”. În august 2024, Ministerul Justiției a declarat-o pe Galina Timcenko „agent străin”.

Un dosar penal împotriva acesteia a fost deschis în luna mai 2025. Ea a fost plasată curând pe lista persoanelor căutate și arestată în lipsă. Rechizitoriul susținea că Timcenko a fondat Meduza „din ură și dispreț față de structura statală a țării și politicile interne și externe ale actualului guvern”. După ce Meduza a fost declarată o organizație „indezirabilă”, Timcenko „a dezvoltat intenția” de a continua operațiunile publicației pentru a rămâne „în spațiul informațional al țării”.

Motivul pentru urmărirea penală a fost reprezentat de trei videoclipuri, în care apare Timcenko: un interviu pentru Deutsche Welle, în care aceasta „își exprimă dezacordul și critică sistemul de stat rusesc”, un interviu pentru TV2media și un apel către cititorii Meduza, în care „cere asistență, inclusiv financiară”.

După anunțarea sentinței, Timcenko a spus pentru Meduza: „Surprinzător, nu simt nimic anume. M-am gândit doar: e ciudat că în rechizitoriu este scris „adevărul” - pentru un regim care minte de parcă ar respira. Simt cu adevărat ură și dispreț pentru cei care au transformat viețile a milioane de oameni în iad, care le trimit moartea în fiecare zi. Iar cât privește verdictul în sine, e ca faimoasa zicală: nu valorează nici cât hârtia pe care e scris”.

„Meduza” s-a confruntat cu o opoziție deosebit de extinsă din partea Kremlinului. În ultimii trei ani, de la începutul războiului ruso-ucrainean, zeci de jurnaliști, cititori și experți care au colaborat cu Meduza sau au republicat materialele sale pe rețelele de socializare au primit amenzi administrative, scrie publicația.